Так как его спасли только княжеские войска, то оно попало в возрастающую зависимость от князей. Одержав победу, князья наложили на города контрибуции и лишили их привилегий за то, что они обнаружили некоторые симпатии к делу крестьян.

Таким образом, только князья действительно выиграли от крестьянской войны. Они захватили имения духовенства; более или менее значительная часть дворянства должна была отдаться под их покровительство, и контрибуций, наложенные на города, попали в их кассы. Правда, наряду со светскими княжествами в Германии все еще сохранялись духовные суверены, городские республики, суверенные графы и сеньоры; но, в общем, историческое развитие Германии вело к провинциальной централизации, к подчинению всех остальных имперских сословий князьям.

Эпилогом крестьянской войны были кровавые преследования и искоренение перекрещенцев. Они разделяли коммунистические воззрения Мюнцера, но отличались от пего тем, что не одобряли его политики насилия и были настроены чрезвычайно миролюбиво. Однако, хотя они отказывались идти войной против государства, они в то же время не хотели и слышать ни о государстве, ни о церкви.

Свое название — анабаптисты, перекрещенцы — они получили оттого, что отвергали крещение, которому церковь подвергала новорожденных младенцев.