Что же касается баварской армии, то в ее неудачах в первую очередь были виновны ландтаг и Военное министерство Баварии. Сокращение бюджета на военные нужды, еще до войны принятое ландтагом в согласии с Военным министерством, не позволило в свое время армии проводить маневры выше бригадного уровня. То есть армейские части не смогли отработать взаимодействие частей даже на дивизионном уровне, что было необходимо для проведения широкомасштабных военных действий в условиях войны.

Кроме того, практически ни у одного баварского генерала, за исключением принца Карла, не было опыта командования крупными армейскими подразделениями.      Надо отдать должное Людвигу II: он смог правильно оценить уроки, преподанные войной, и еще до подписания мирного договора, 1 августа 1866 года, назначил нового военного министра. Им стал барон Зигмунд фон Пранк, которому было поручено проведение реформы баварской армии, завершившееся в 1868 году. Но вместе с тем были и позитивные для Баварии результаты войны: между прусским и баварским правительствами был заключен наступательный и оборонительный союз, положивший начало действительному объединению Германии. Бавария получила в лице Пруссии мощного и влиятельного союзника.

Людвиг II прекрасно понимал (что, кстати, характеризует его как дальновидного политика), что, несмотря ни на какие антипрусские настроения в обществе, союз с Пруссией — единственно возможный и верный путь для дальнейшего развития Баварии. Людвиг стал стремиться также к установлению личных отношений с Отто фон Бисмарком, которому сразу по окончании войны пожаловал орден Святого Губерта.