В 160-х годах крепость была осаждена маркоманами, которые, несмотря на всю ее неприступность, одержали победу и практически стерли с лица земли и саму крепость, и гражданские поселения вокруг нее. Но римляне не могли так просто отказаться от столь выгодно расположенного «лакомого кусочка» германской земли. В свою очередь император Марк Аврелий со своими легионами отвоевал его у маркоманов и построил укрепленный военный лагерь Castra Regina — основной форпост римской провинции Реция, защищаемый непобедимым Третьим Италийским легионом численностью более 6000 солдат. На месте этой «военной базы» и возник нынешний Старый город, до сих пор сохранивший руины римских времен. На смену грубой силе пришла сила духовная, сила веры.

Примерно в 680-х годах в Регенсбург прибыл святой Эрхард, проповедуя христианство на землях Баварии. А в 739 году святой Бонифаций основал в Регенсбурге епископство, ставшее, пожалуй, старейшим на немецкой земле. Итак, герцогство Бавария постепенно расширялось и заняло территорию вплоть до Каринтии.

Но в 788 году последний из династии Агилофингов Тассило III (741—796) потерпел поражение от франкского правителя Карла Великого, после чего Бавария потеряла самостоятельность, войдя в состав королевства Франков, после раздела которого по Верденскому договору 843 года стала центром Восточной франкской империи — «зародыша» будущей Германии.