Основателем церкви Святого Михаила и стал Вильгельм V Набожный. Затраты на строительство превысили все допустимые нормы, обрушение одной из башен едва не остановило его. Но, не иначе как стараниями своего небесного покровителя, уже в 1597 году церковь была освящена. А установленная в 1588 году над мраморным порталом главного входа бронзовая статуя святого архангела Михаила, попирающего сатану, стала символом вечной борьбы с мировым злом.

С завершением строительства своего главного детища Вильгельм посчитал свою земную миссию выполненной и удалился в монастырь, передав престол в руки сына Максимилиана I (1573—1651). После смерти в 1626 году Вильгельм V, первым из Виттельсбахов, был похоронен в крипте церкви Святого Михаила. С тех пор именно этот храм стал традиционным местом упокоения представителей династии.

Здесь найдет свой последний приют и несчастный король Людвиг II.